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Der Weihrauch wurde schon seit alters her zu kultischen Zwecken benutzt. Der Rauch und der Duft benebelt die Sinne. Die Hypothese, daß bei Verbrennung von Weihrauch das bewusstseinsverändernde Tetrahydrocannabinol entstehe, konnte bislang nicht bestätigt werden. Es stimuliert und beruhigt aber. Schon die alten Israeliten verbrannten in ihren Tempeln den Weihrauch. Dies entwickelte sich aus dem kanaanäischen Räucherkult.
Nachgewiesenermassen wurde er dort seit etwa 540 v.Chr. benutzt. Auch die alten Pharaonen verwendeten Weihrauch zu verschiedenen Kulthandlungen und Mumifizierung. Sie nannten die Harzperlen "Schweiß der Götter". Im altägyptischen Totenkult wurde dem Weihrauch eine bannende, apotropäische, abwährende Wirkung gegen die Macht und den Geruch des Todes zugesprochen.
Auch viele andere der damaligen Religionen, die Sumerer, Babylonier, Perser, die Orientalen und die Römer kannten Weihrauch. Kaisern und Statthaltern der Römer wurden als Zeichen der Huldigung bei Einzug in eine Stadt Weihrauch vorangetragen, aber auch um den Kloakengestank zu vertreiben wurde er verwendet.
Bei den ersten Christen wurde Weihrauch nur bei Begräbnissen verwendet. Weihrauch wurde erst viel später in die christlichen Gottesdienste zusammen mit einigen Elementen des römischen Kaiserkultes übernommen. Auch in den privaten Häusern wurden verschiedene aromatische Mischungen zum Ausräuchern und Reinigen des Hauses verwendet.
Heute wird der Weihrauch in der katholischen Liturgie in der Messe dem Stundengebet, in der Laudes und der Vesper verwendet. Zur feierlichen Verehrung der Eucharistie auch außerhalb der Heiligen Messe z.B. bei Prozessionen. Der Altar, das Evangeliar, Priester, Altarkreuz, Osterkerze, Weihnachtskrippe, die Gläubigen werden mit dem Weihrauchfass beräuchert. Beim Begräbnis der Sarg und das offene Grab mit den Worten: "Dein Leib war Gottes Tempel. Der Herr schenke dir ewige Freude." ebenfalls mit dem Weihrauchfass beräuchert. Symbolisch steht der Weihrauch für Reinigung, Verehrung und Gebet.
Im Altertum waren Medizin und Religion eng verbunden. Spuren davon sind noch heute in der Sprache zu finden. Wenn etwas heilt, dann ist es heil-ig. Erste Hinweise auf die Verwendung von Weihrauch finden sich in dreieinhalbtausend Jahre alten Texten aus dem Niltal. Die Ägypter nutzten Weihrauch für den guten Geruch der Luft, für Salben und zur Wundbehandlung. Hippopkrates und andere griechisch-römische Ärzte setzten Weihrauch zur Wundreinigung, gegen Krankheiten der Atemwege und bei Verdauungsproblemen ein. Über die Wirkungsmechanismen war nichts bekannt, aber die praktischen Erfolge waren wohl zahlreich genug, das das teure Mittel auch noch im Mittelalter als Medizin eingesetzt wurde, so auch von Hildegard von Bingen.
Weihrauch gewinnt langsam wieder an Bedeutung und Medizin und Naturheilkunde ergänzen sich hier. Moderne Labormethoden haben die Heilwirkung von Weihrauch erwiesen. 1991 fanden der Tübinger Prof. Ammon und seine Mitarbeiter in dem Harz den entzündungshemmenden Wirkstoff Acetyl-11-keto-b-Boswellia-Säure (AKBA), hat eine ähnliche Wirkung wie Cortison. In der klassischen europäischen Naturheilkunde wurde Weihrauch hauptsächlich für rheumatische Schmerzen verwendet.
In der modernen Medizin wird der indische Weihrauch bei chronisch entzündlichen Erkrankungen, Morbus Crohn, Colitis ulcerosa oder Polyarthritis untersucht. Er wird auch bei entzündlichen Darmerkrankungen, Asthma, Rheuma und Schuppenflechte eingesetzt.